W czasie pobytu na Jawie (1896-1900), gdzie pracował w holenderskim Ogrodzie Botanicznym, prowadził pionierskie badania nad zagadnieniami botaniki tropikalnej. Opisał między innymi 300 nowych, nieznanych wcześniej gatunków grzybów pasożytniczych, którym nadał nazwy z literatury polskiej np. Balladyna, Goplana.
Od 1900 roku został profesorem Akademii Rolniczej w Dublanach, następnie Uniwersytetu we Lwowie (od 1909 r.), wreszcie Uniwersytetu Jagiellońskiego (od 1912 r.)
W 1913 roku założył Instytut Botaniczny przy Uniwersytecie Jagiellońskim, w którym zorganizował własną szkołę badawczą, kontynuowaną do dnia dzisiejszego. Obejmowała ona badania nad współczesną i kopalną florą i szatą roślinną Polski.
Dorobek naukowy prof. Mariana Raciborskiego stawia go w rzędzie najbardziej wszechstronnych uczonych polskich, a dotyczy on florystyki i systematyki glonów, grzybów, roślin naczyniowych, geografii roślin i paleobotaniki. Szczególne znaczenie mają pierwsze polskie prace paleobotaniczne Jego autorstwa oraz zainicjowanie zbiorowego opracowania Flora Polski. Dzieło to kontynuował jego uczeń i kontynuator szkoły badawczej, prof. Władysław Szafer.
Właśnie głównie za sprawą Władysława Szafera przetrwała w polskiej botanice legenda Mariana Raciborskiego, legenda uczonego i społecznika, służącego wytrwale i ofiarnie społeczeństwu, popularyzatora wiedzy.
W 1976 roku nasz szkoła wybrała na swojego patrona właśnie Mariana Raciborskiego. 14 pazdziernika 1976 roku wysłaliśmy list do PAN Zakładu ochrony Przyrody Alpinarium w Zakopanem z prośbą o złożenie kwiatów na grobie profesora. W tym czasie odbył się również quiz z wiedzy o Raciborskim, którego laureatem została Małgosia Kloka. Uroczystego nadania imienia szkole w imieniu Wydziału Rolnictwa i Leśnictwa Urzędu Wojewódzkiego w Gdańsku dokonał kierownik oddziału Oświaty Rolniczej pan Machalica.
Popiersie profesora Raciborskiego wykonane w kamieniu wraz z drzewem nazwanym na jego cześć, świdojarzębem Raciborskiego można podziwiać na terenach zielonych szkoły.
